Gibson assembly
)
简介( INTRODUCTION
原理: Gibson assembly 是一种 one step, one pot 的迅速基因组装方法。它只要要将基因片段和需 要的三种酶混淆在同一个管内在 装置原理鉴于
50°C 下培育 15-60 min 就能够获得组装好的
过程依靠于三种酶:
DNA 。
DNA 片段间的重叠地区, DNA 外切酶( T5 exonuclease ), 高
保真 DNA 聚合酶。 ( Phusion polymerase )和耐热 DNA 第一, T5 核酸外切酶消化
连结酶 ( Taq DNA ligase )的共同作用。
因此 DNA 片段退火,
DNA 单链为模板, 沿 3' 方 DNA 单链黏合起来,密
DNA 片段的链 方向是从 5’到 3’. 每个 DNA 片段分别形成一个单链
的突出部分, 因为着这两个相邻的突出片段有一部分拥有同源性能够互补, 互补的序列从头配对连结。
而后,在空缺的部分 DNA 聚合酶以另一条
向将对应的脱氧核苷酸连结到单链上,填充缺口。最后,连结酶将两条
封裂痕。这样拥有重叠地区的 DNA 片段就组装成一整条 DNA 分子了。下边是组装的表示图。
资料( MATERIALS )
试剂( REAGENTS )
NAD ,H2 O ,1 M MgCl ,10 mM dNTP mix ,1 M Tris-HCl pH 7.5 ,50% PEG-8000 , 2 ,1 M DTT
2.7 mg/ mL Tag ligase ,0.85
μ g/ mL T5_ExO,Phusion(1
)×、LB
培育基、抗生素(据载体而定) 、
LB 平板(相应抗性)
实验前准备( SETUP )
于冰水浴中配制以下反响系统。假如不慎将液体粘在管壁,可通太短暂离心使其沉入管底。
4x isothermal assembly buffer NAD
20 mg
无缝克隆同源重组克隆
H2O
1 M MgCl 2 1MDTT
10 mM dNTP mix 1 M Tris-HCl pH 7.5
300 μL 300 μL 300 μL 600 μL 3 mL 3 mL
50% PEG-8000
加水到 7.5 mL ,每管分 500 μL存于 -20 °C 或 -80 °C 冰箱 ,够 3000 个反响
2×assembly mix: best combination: 100 reaction
2.7 mg/ mL Tag ligase 0.85 μ g/ mL T5_ExO Phusion(1 ×) 4× G.A. buffer
加水 365 μL,存于 -20 °C 冰箱,有效期
1 mL 10 μL 100 μL 25 μ L 500 μL
1 年。
实验步骤(
PROCEDURE )
NEB 介绍同源片段的长度为
1. 设计引物经过 PCR 的方法在 DNA 片段的两头加上同源片段,
15-40 bp ,同时要求这部分对应的退火温度高于4°C。
2. 进行 DNA 纯化: PCR 产物进行琼脂糖电泳,胶回收。或许
进行重组反响,以 20 μL反响系统为例:
组分
PCR 产物回收试剂盒回收。
3.
加入量
Isothermal assembly Master Mix
10 μL
线性化载体 插入片段
Sterilized ddH 2O
10-100 ng (1- 2 μL)
8- 9 μL (3-5 ×载体 )
补足至 20 μL
50 °C 反响 15-60 min
4. 反响产物转变、涂板及克隆判定同传统分子克隆方法。
针对性建议
1. 在选择克隆位点时,应防止选择克隆位点上下游
50 bp 内有重复序列的地区。当克隆位点上
下游 20 bp 地区内 GC 含量均在 域 GC 含量高于 70% 或许低于
40% ~ 60%范围以内时,重组效率将达到最大。如这部分区 30% ,重组效率会遇到较大影响。
200 bp 的片段的组装;弊端之二是假如黏性 2. Gibson 组装克隆法弊端之一是合用与长度超出
尾端形成稳固的二级构造,如发夹构造或许茎环构造,那么成功率会大受影响。
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