一、发票的作用不同。从增值税抵扣链条的角度讲，增值税普通发票和专用发票的不同作用是二者的实质性不同，即增值税专用发票是可以抵扣的，但普通发票是不可以抵扣的。
二、票面信息不同。增值税专用发票是可以抵扣进项税的发票，票面上带有“增值税专用发票”字样；而普通发票是不能抵扣进项税的发票，票面上带有“增值税普通发票”字样。
三、发票联次不同。增值税专用发票由基本联次附加其他联次构成，基本联次为三联，分别为发票联、抵扣联和记账联。发票联为购买方核算采购成本和增值税进项税额的记账凭证；抵扣联为购买方报送主管税务机关认证和留存备查的凭证；而记账联为销售方核算销售收入和增值税销项税额的记账凭证。
普通发票基本联次为两联，分别为发票联和记账联，第一联为记账联，销货方用作记账凭证；第二联为发票联，购货方用作记账凭证。
四、发票使用的纳税人不同。增值税专用发票使用的纳税人主要为增值税一般纳税人；而普通发票使用的纳税人为增值税小规模纳税人。增值税一般纳税人采用一般计税法，增值税的计算为销项税额减去进项税额，其进项税额为企业取得的增值税专用发票，否则不得抵扣进项税额。
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