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磁性二氧化硅微球的表面修饰及其在植物基因组核酸纯化中的应用

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维普资讯 http://www.cqvip.com 第35卷 2007年1月 分析化学(FENXI HUAXUE) 研究报告 Chinese Journal of Analytical Chemistry 第1期 31~36 磁性二氧化硅微球的表面修饰及其 在植物基因组核酸纯化中的应用 张志超 袁翠 万谦宏 (天津大学药物科学与技术学院,天津300072) 摘要在利用自主研发的专利技术制备球形磁性硅胶微球的基础上,对磁性硅胶微球进行表面改性,使其 表面分别键合硅羟基、环氧基、邻二醇基和羧基等官能团,并对表面官能团进行了定量研究。以小牛胸腺基因 组脱氧核糖核酸(DNA)为模型化合物,研究了核酸在不同表面官能团的磁性硅胶上的吸附和脱附行为,发现 表面具有硅醇基的磁球对DNA的回收率最高。将改性后磁性微球应用于玉米DNA的提取,得到了平均长度 大于8 kb的高纯度基因组DNA。与传统的有机溶剂抽提法相比,基于磁性微球的核酸固相萃取法具有快速 简便、省时省力、易于自动化的特点,适合于大规模植物基因组DNA的样品制备。 关键词核酸纯化,磁性微球,表面修饰,固相萃取 1 引 言 从生物样品中提取核酸是分子生物学和临床医学等生命科学研究领域中的一项基本技术。核酸提 取的传统方法如酚一氯仿抽提法,存在着有机溶剂毒性大、重复性劳动多、难以实现微型化、自动化操作 等缺点。而近年来发展起来的以玻璃粉…、离子交换树脂 、硅胶 等为吸附材料的核酸固相萃取法, 不仅可以避免使用毒性强的有机溶剂,而且能大幅度提高提取效率。基于固相萃取技术的核酸纯化微 芯片已经引起了人们的广泛关注_4l5]。磁性微粒作为一种新型的核酸固相萃取剂,借助于适当的磁分离 装置。可以进一步简化和加速核酸的分离与纯化过程,实现核酸纯化处理的微型化、自动化和平行化。。’ 。 最近,报道了新型磁性二氧化硅微球的合成及其在核酸纯化中的应用 。所合成的磁性微球具有 球形规整、粒度分布窄、磁响应性高的特点,尤其适合于在高粘度样品溶液中核酸的提取。由于磁性纳 米粒子均匀地分布在硅胶基质中,磁性硅球表面上存在大量的硅羟基和铁羟基等极性基团。这些极性 基团可能对核酸的吸附和洗脱产生影响。因此,需要考察核酸在具有不同极性官能团的磁性微球表面 的吸附和脱附行为。首先,用多种硅烷试剂对磁性硅球进行表面修饰,使其分别为硅羟基、环氧基、二醇 基和羧基等中性或弱酸性基团所包覆,然后以小牛胸腺DNA为模型化合物,测定了核酸在经表面改性 的磁性微球上的回收率,并探讨了核酸在该磁性微球表面的结合机理。最后,以玉米面样品中基因组 DNA的纯化为实例,对不同表面基团的磁性微球的提取效率(产率、纯度、完整性)进行了'比较。 2 实验部分 2.1仪器和试剂 180—80型原子吸收光谱仪(日本日立公司);UV-2450紫外扫描仪(日本岛津公司);752型紫外一可 见光分光光度计(上海棱光技术有限公司);磁分离架(美国Promega生物技术公司);DYY-7型凝胶电 泳仪(北京市六一仪器厂)。 磁性硅胶微球Afifmag SF(平均粒径3.4 m,比表面249.85 m /g,饱和磁化强度9.8 emu/g)由天 津市倍思乐色谱技术开发中心提供。小牛胸腺购自天津市北辰区红光农场。玉米面购白天津大学附近 农贸市场。四乙氧基硅烷(TEOS)与环氧丙基丙氧基三甲氧基硅烷(KH560)均取自武大有机硅新材料 2006-06-07收稿;2006-09-02接受 本文系国家自然科学基金资助项目(No.20375027) E—mail:qhwan@tju.edu.en 维普资讯 http://www.cqvip.com 32 分析化学 第35卷 公司;亚氨基二乙酸(分析纯)购自中国医药集团化学试剂公司。PEG。。。。和NaC1(分析纯,天津市光复精 细化工研究所)。琼脂糖(生物级)购白天津厚普生物试剂公司,1Kb DNA Ladder(北京鼎国生物技术公 司)。其它试剂均为分析纯。 2.2实验方法 2.2.1标准小牛胸腺DNA的制备用作标准参照物的小牛胸腺基因组DNA按文献方法(浓盐法)制 备 ]。将制得的小牛胸腺DNA溶于10 mL 10%NaC1溶液中得到浓度为1.461 g/L(经紫外光谱测定 260 nm处吸收值后,通过C =50A ∞(N稀释倍数)得到的DNA标准溶液备用。用紫外光谱测定DNA 标准物的 胡 28n为1.79。 2.2.2磁性二氧化硅微球的表面修饰 (1)磁性二氧化硅微球的硅羟基化将未修饰的磁性二氧化 硅微球(Affimag SF,4.0 g)加人体积比为5:1乙醇.水溶液(192.0 mL)中,分别加入浓氨水(4.0 mL)和 TEOS(1.2 mL),于室温下水浴摇床中振荡反应3 h。产物经布氏漏斗减压抽滤后,用去离子水洗涤至中 性,以乙醇、丙酮洗涤并于真空60℃下放置过夜(以下几种磁性微球的烘干条件与此相同),得到表面包 覆SiO2的磁性微球,记为Afifmag SL;(2)磁性二氧化硅微球的环氧基化Affimag SL磁球以pH值为1 的稀盐酸溶液浸泡30 min后,重新以去离子水洗涤至中性,然后再用乙醇、丙酮各洗涤一遍。最后将所 得磁性微球烘干。将所得干燥磁性微球(3.0 g)分散于无水甲苯(30 mL)中,在氮气保护下加入环氧丙 基丙氧基硅烷试剂(KH560,1.5 mL),在110℃下回流反应8 h。所得改性磁球依次用甲苯、甲醇、甲醇/ 水(1:1, )和甲醇洗涤并抽干。烘干得到表面键合环氧基的磁性微球Affimag.Epoxide;(3)磁性二氧 化硅微球的二醇基化将表面键合环氧基的磁性微球(Affimag.Epoxide,1.0 g)分散于pH值为3的稀 盐酸溶液(40 mL)中,在100 ̄C下加热回流2 h。产物以去离子水洗涤至中性后,再分别以乙醇、丙酮洗 涤,过滤收集。烘干得到表面键合二醇基的磁性微球Afifmag—Diol;(4)磁性二氧化硅微球的羧基化将 1.66 g NaOH溶于30 mL去离子水中,随后于其中加入2.66 g亚氨基二乙酸。晃动烧杯使其溶解。所 得亚氨基二乙酸钠溶液在60 ̄C下真空加热除去其中大部分水分。于剩余溶液中加人大量甲醇溶液,使 得亚氨基二乙酸钠盐析出。过滤收集。60℃下真空烘干。 将表面键合环氧基的磁性微球(Affimag-EPOXIDE,1.0 g)与亚氨基二乙酸钠(0.2 g)先后加于甲醇 (20 mL)中,搅拌下反应48 h。磁性微球产物以甲醇、水处理以除去过量的亚氨基二乙酸钠后,浸泡于 pH值为3的稀HC1中。30 min后,以去离子水洗涤产物至中性,再以甲醇、丙酮各洗涤一遍,过滤收集。 烘干得到表面包覆亚氨基二乙酸的磁性微球Affimag.Carboxyl。 2.2.3表面修饰后磁性微球的表征 (1)表面修饰前后磁性微球中铁离子的溶出曲线 准确称取一 定质量的FeNH (SO ) ・12H O,配制Fe¨浓度为1.0 g/L的浓溶液。准确移取一定量该溶液,经稀释 得到浓度分别为0.038、0.101、0.189、0.377、0.566和0.755 mg/L的硫酸铁铵溶液,于波长479 nm下 测定其吸收值,得到Fe¨的浓度-吸收值曲线和线性回归方程。 分别称取0.1 g磁性微球,分散于50 mL 0.1 molfL HC1中。分别在浸泡时间为7、l5、30、60、120 arin时取上层清液测其Fe¨吸收值作浓度.浸泡时间的铁溶出曲线;(2)Affimag.Epoxide磁性微球表面 环氧基含量的测定磁球表面环氧基含量可以通过将环氧烷基团全部转化为邻二醇基,然后测定邻二 醇基含量来间接测定。以用0.1 mol/L HC!处理过的Afifmag SL磁性微球作为对照样品,以高碘酸氧化 反应测量Affimag-Epoxide磁性微球表面环氧基含量。首先将Affimag—Epoxide磁球于过量0.01 mol/L HC1溶液回流1 h,将其表面的环氧烷基团全部转化为邻二醇基。表面邻二醇基含量的具体测定方法见 参考文献[10];(3)Affimag—Carboxyl磁性微球表面羧基含量的测定磁性微球Afifmag.Carboxyl表面的 羧基含量以间接法测定。方法如下:准确称取0.1075 g Afifmag—Carboxyl磁球,于10 mL 10%CuSO 溶 液中浸泡12 h,之后于磁场下反复以去离子水洗涤5次。饱和吸附Cu 的磁球经一次无水乙醇洗涤 后,于真空90cc下烘干12 h。烘干样品在68&C下马弗炉中煅烧3 h,最后所得微球经硝酸酸化及过滤 处理后,所得清液在321.4 nrll下通过原子吸收法测定Cu 的含量C ,羧基含量则为2c 。 维普资讯 http://www.cqvip.com 第1期 张志超等:磁性二氧化硅微球的表面修饰及其在植物基因组核酸纯化中的应用 33 2.2.4磁性微球悬液的制备取适量磁I生微球分散在去离子水中,制得浓度为lO L的磁性微球悬液。 2.2.5改性磁性硅胶微球在核酸纯化中的应用 (1)小牛胸腺DNA在磁性微球上的吸附和洗脱核 酸在磁性微球上的吸附和洗脱步骤的典型操作如下:首先,用精密移液器移取磁性微球悬液1 mL于 1.5 mL离心管中,在磁场下弃去上层清液。以PBS溶液洗涤磁球一次并在磁场下将洗涤后PBS溶液弃 去。向离心管中加入浓度为1.461 g/L的DNA标准溶液50 L和由不同比例的聚乙二醇一800 (PEG。000)组成的核酸吸附液1.0 mL,涡旋混匀。室温下温和振摇10 min。磁场下分离并弃去上层清 液,用80%异丙醇1.0 mL,70%乙醇1.0 mL先后洗涤磁性微球各两次。吹干乙醇。再向洗涤后的磁性 微球中加入TE缓冲液(10 mmol/L Tris,HC1,1 mmoL/L EDTA-2Na,pH 7.8)1.0 mL,涡旋混匀,静置等 待DNA脱附10 min。磁场下分离磁性微球,吸取洗脱液用于核酸的紫外检测;(2)玉米基因组DNA的 提取玉米基因组的提取方法参考文献[12]。移取磁性微球悬液各1 mL于5个1.5 mL离心管中,磁 场下弃去上层清液。以PBS溶液洗涤磁球一次后备用。取液氮下研磨过玉米面1.5 g,加入到含有3.0 mL细胞裂解液(0.1 mol/L Tris-HC1,0.05 mol/L EDTA,pH 8.0,0.5 mol/L NaC1)的7 mL离心管中。 加入10%十二烷基硫酸钠(SDS)500 L,65cC水浴处理30 min,以4000 r/min离心,得到1.5 mL细胞 裂解清液。移取0.3 mL上层清液于磁性微球中,涡旋5 s。再加入核酸吸附液(20%PEG ,。。。-2 mol/L NaC1)0.6 mL,涡旋混匀,室温下放置10 min。磁场下分离并弃去上层清液。取70%乙醇1.0 mL洗涤 磁性微球各两次。吹干乙醇后,加入TE缓冲液(10 mmol/L Tris—HC1,1 mmol/L EDTA-2Na,pH 7.8) 200 ,涡旋混匀。静置下等待DNA脱附10 min。磁场下分离磁性微球,吸取洗脱液分别对其中的核 酸进行紫外检测和凝胶电泳分离。 2.2.6纯化核酸的凝胶电泳检测将样品溶液(10 L)与0.1倍体积的溴酚蓝水溶液和1/6样品溶液 体积(2 L)的TAE缓冲液上样,在用0.001%( )溴化乙啶染色的1%琼脂糖凝胶上进行电泳,电压 8O V。经凝胶电泳分离的核酸用紫外扫描进行检测。 3结果与讨论 3.1磁性二氧化硅微球的表面修饰与表征 在波长479 nm下测得Fe 浓度与吸收值的线性回归方程为Y=0.1652X十0.0026。根据该直线 可算得磁性微球铁溶出离子浓度与吸收值之间的铁溶出曲线。未经修饰的磁性硅胶微球Afimagf SF的 铁溶出曲线见图1。由图1可知,Afifmag SF在用强酸浸泡的过程中,Fe¨浓度在2.0 mg/L以上,且随 时间不断增加。而用TEOS修饰过的磁性微球Affimag SL,Fe¨浓度始终在0.5 mg/L以下,且只是在浸 泡时的前15 min Fe 浓度有所增加,之后随着浸泡时间增加Fe¨浓度几乎不变。这表明Affimag SF磁 球的表面有一定量的铁氧化物颗粒,在强酸浸泡下铁氧化物成分不断被溶解Fe¨。而通过TEOS修饰 后,Affimag SF磁球表面的铁氧化物成分大部分被保护,从而其在低pH值下的稳定性提高。而Afifmag— Epoxide、Affimag-Di01和Affimag-.Carboxyl 3种磁性微球在强酸浸泡下,其Fe¨溶出浓度近于0,说明这 3种磁性微球表面的铁氧化物已经被完全包覆。 以Fe O 颗粒提取DNA时发现,基因组DNA在Fe 0 颗粒表面有较强的保留,从而导致DNA的回 收率降低…]。而硅胶是一种比较好的DNA固相提取材料,在用于提取DNA时可获得较高的回收率。 实验以TEOS对Fe O .SiO 磁性微球进行了表面修饰,目的使磁性微球表面硅醇基化。这不但可以避 免DNA洗脱难的问题,同时还可提高磁性微球的pH值适用范围。根据Sttiber制备二氧化硅微球的原 理 ],反应采用了碱催化TEOS水解的条件,反应生成的SiO 纳米颗粒被固定在磁性微球表面。由于 Afifmag SL表面仍有少量酸可溶性铁氧化物,因此在使用Affimag SL进行接下来的表面改性前,预先使 用0.1 mol/L HC1对其进行浸泡处理。Affimag.-Epoxide、Afifmag--Diol和Afifmag-.Carboxyl 3种磁性微球 在酸性条件下的铁溶出曲线证明,经过浸泡后,磁球表面的酸溶性铁氧化物基本上已经不存在。 硅胶表面键和环氧烷基团的方法已经很成熟 。经测定,Affimag—Epoxide中环氧烷基团的表面含 维普资讯 http://www.cqvip.com 34 分析化学 第35卷 量为0.18 mmoL/g。环氧基是一种反应活性较高的基团,在 酸性或碱性条件下易水解,生成邻二醇基。因此,Affimag— Diol的表面邻二醇基的含量可估算为0.18 mmol/g。 Affimag.Carboxyl表面带有羧基基团。由于该磁球表面 的羧基含量可能较低。直接采用滴定的方法测定不准确。 因此,将磁球表面的亚氨基二乙酸基团通过配位反应以 cu 饱和,然后测量表面cu“含量,从而可以得到表面的 羧基含量。经测定,原子吸收测试表明Cu¨含量为0.045 图1 表面修饰前后的磁性硅胶微球中铁离子 mmol/g,从而得表面羧基含量为0.09 mmol/g。表面带有 的溶出曲线 羧基的磁性微球是一种在DNA提取纯化过程中常用的固 相材料¨ 。利用性质较活泼的环氧烷基团与亚氨基二乙 酸钠中亚氨基之间的缩合反应,可以将二乙酸钠基团键合 到磁球表面上。之后,将键合有二乙酸钠基团的磁球于酸 性条件下浸泡,用H 将表面的Na 置换掉,可以得到表面 Fig.1 Comparative dissolution curves of magnet— ic silica microspheres in 0.1 mol/L HCI solution with and without surface modification 1.Affimag SF;2.Afimag SL;3.Affimag-Epoxifde; 4.Aftimag-Diol:5.Aftimag-Carboxy1. 带有羧基的Affimag—Carboxyl磁性微球。 由于空间位阻的缘故,键和基团的覆盖率一般都低于50%,即有高于50%的硅羟基未被反应掉。 因此,Affimag—Epoxide、Afifmag Diol和Affimag Carboxyl 3种磁性微球表面除了分别含有环氧烷、醇基或 者羧基外,还具有相当多的硅醇基。但是,由于键合基团的臂长大于硅羟基,因而在提取核酸中,能与核 酸分子相互接触的主要是这些键合基团。 3.2核酸在磁性硅胶微球表面的吸附和洗脱 根据文献[17],固定核酸吸附液的组成(20%PEG ㈣.2 mol/L NaC1)和洗脱时间(10 min),以小牛 胸腺DNA作为测试样品来考察表面官能团对DNA提取回收率和纯度的影响。结果见表1。 表1 5种磁性微球提取小牛胸腺DNA和玉米DNA的回收率和A26o/A2 。比值 Table l Recovery yields and purities of deoxyribonucleic acid(DNA)samples extracted from calf thymus and corn flour using magnetic silica microspheres with and without surface modiifcation A:印/A: 。的比值可以表示提取出DNA的纯度,当A 印/A ∞的比值在1.70—2.00之间时,表示提取出 的DNA纯度较高。由表2可知,这几种磁性微球提取出的DNA纯度都比较高,是比较良好的提取DNA 同相材料。 在260 nm和280 nm波长下分别测定核酸吸附体系中的上层清液,其吸收值均小于0.03。这表明。 在该吸附条件下(PEG。。。。,20%;NaC1,2 mol/L),DNA几乎被完全吸附到磁性固相表面。但是在用TE 溶液洗脱时发现,不同表面官能团的磁球,DNA回收率差别较大。Affimag SL具有较高的提取回收率 (>90%)。但是,对于另外3种磁性固相材料,即表面含铁羟基、环氧基、邻二醇基和羧基的磁球,其回 收率则较低,在60%一80%间。实验表明,表面官能团对于固相萃取法提取DNA的产率有较大影响。 了解DNA在固相材料上的吸附与解吸过程有助于理解产生这种差别的原因。在一定高分子量聚 乙二醇(PEG)和NaC1浓度下,DNA从水溶液中析出并吸附到固相表面是一个很复杂的过程。Melzak 等认为,DNA的脱水作用是DNA析出的主要动力 。PEG和NaC1是导致DNA脱水的主要原因。在 维普资讯 http://www.cqvip.com 维普资讯 http://www.cqvip.com 分析化学 第35卷 4 W0lfe K A,Breadmore M C,Ferranee J P,Power M E,Conroy J F,Norris P M,Landers J P.Electrophoresis,2002,23: 727~733 fe K A。Arcibal I G,Leung W K,Dickson D,Giordano B C,Power M E,Ferrance J P,Feldman S 5 Breadmore M C.WolH.Norris P M.Landers J P.Ana1.Chem.,2003,75:1880—1886 Xie X,Zhang X,Yu B B,Gao H F,Zhang H,Fei W Y. Magn.Magn.Mater.,2004,280:164 168 誊pan0v直A,Rittich B。Bene ̄M J,Hor ̄k D.',_Chromatogr.A,2005,1080:93—98 Zhang Z C,Zhang L M,Chen L,Chen L G,Wan Q H.Biotech.JPr0g.,2006,22(2):514—518 Guo Yong(郭勇).Mordern Biochemical Techniques(现代生化技术).Guangzhou(广州):South China University of Technology Press(华南理工大学出版社),1996:227~229 Sun Yuqing(孙毓庆).Analytical Chemistry(分析化学,上册).3rd edition(第三版),Beijing(北京):People s Medical Publishing House(人民卫生出版社),1996 t 206—208 11 12 Taylor J I,Hurst C D,Davies M J,Saehsinger N,Bruce I J. Chromatogr.A,2000,890:159—166 StSber W,Fink A.Bohn E. CoU.1nte ̄Sci.,1968,26:62—69 13 Liu Guoquan(刘国诠),Yu Zhaolou(余兆楼).Technology ofChromatographyColumn(色谱柱技术).Beijing(北京): Chemical Industry Press(化学工业出版社),2o04:206~207  ̄panov6 A,Hor6k D,Soudkov6 E,Rittich B. Chromatogr.B,2004,800:27—32 14 15 Zhang Liming(张立明),Zhang Zhichao(张志超),Wan Qianhong(万谦宏).Chinese',_Ana1.Chem.(分析化学), 2006,34(7):923—926 16 Melzak K A,Sherwood C S,Turner R F B,Haynes C A. 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Biorned.Mater.Res..2003,66:870~879 Surface Modiicatfion of Magnetic Silica Microspheres and Its Application to the Isolation of Plant Genomic Nucleic Acids Zhang Zhi-Chao,Yuan Cui,Wan Qian-Hong (College f oPharmaceuticals and Biotechnology,Tianifn University,Tianjin 300072) Abstract Solid phase extraction of nucleic acids using magnetic particles has found widespread applications in biotechnology and biomedical research.On the basis of successful preparation of magnetic silica micro— spheres by a proprietary process,we performed a further study on the surface modiifcation of the magnetic sili- ca microspheres and their applications in isolation of plant genomic nucleic acids.The surfaces of the magnetic silica microspheres were chemically bonded with silanol,epoxide,diol and carboxyl groups respectively,fol- lowed by quantitative research of the functional groups on the surface.The adsorption and elution behaviors of nucleic acids on surfaced modiifed magnetic silica microspheres were evaluated using calf thymus deoxyribonu— cleic acid(DNA)as model compound.It was found that the magnetic silica microspheres which were surface. modiifed by silanol groups got the highest DNA recovery yields.The surface modiifed magnetic silica micro— spheres were applied to extraction of genomic DNA from corn flour with high purity DNA of fragment lengths >8 kb obtained.In comparison with traditional methods using liquid—liquid extraction,the solid—phase process developed in this work is characterized by convenience,speed,time-saving,and being amenable to automa- tion.The method can be adapted for large-scale preparation of plant genomic DNAs. Keywords Nucleic acid isolation,magnetic microspheres,surface modiifcation,solid phase extraction (Reeeived 7 June 2006;accepted 2 September 2006) 

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