公司档案管理制度是公司运营管理中的重要组成部分，对于公司的正常运转、信息安全和合规性具有重要作用。如果员工违反公司的档案管理制度，应该有相应的处理机制来进行处理，主要包括以下几个方面：
制度规定：公司应明确规定档案管理制度，并将其纳入公司的规章制度中，让员工清楚了解相关规定。制度规定应包括档案的分类、保存期限、查阅权限、销毁程序等内容。
违规行为认定：公司需要建立一套严格的违规行为认定机制，确保对员工的违规行为进行公正客观的认定。可以通过内部审计、监督检查等方式来发现违规行为。
处罚措施：对于违反公司档案管理制度的员工，公司应该根据违规行为的轻重采取相应的处罚措施，包括口头警告、书面警告、通报批评、停职检讨、降职处分甚至解雇等。
教育培训：除了惩罚，公司还应该加强对员工的教育培训，提高员工对档案管理制度的认识和遵守意识，减少违规行为的发生。
案例分析：可以通过案例分析的方式，向全体员工展示违反档案管理制度的后果和影响，警示员工违规行为的严重性。
总之，公司档案管理制度的违规处理机制应该是全面的、严格的，既能惩罚违规行为，又能起到警示和教育的作用，以维护公司的管理秩序和规范运作。